ガンダムＳＥＥＤ これは、コズミックイラに起きた 、ナチュラル（遺伝子操作をされていない普通の人間、地球人）と、コーディネイター（遺伝子操作で生まれた人間） その間で、ついに戦争を初めてしまい、ナチュラルはコーディネイターに対して、核ミサイルを、ユニウスセブンに放ち、後にこれは血のバレンタインと呼ばれた。 これに対しコーディネイターは、地球にＮジャマーを打ち込むも、全然戦争は収まらず、とうとう地球の中で、両者の戦いは続き、ついには、この戦争で親を亡くした小さな子供を使って、コーディネイターに勝る人間を作ろうとし、生まれたのが、後の生体ＣＰＵだった。 だが、この中で、ある暗躍が続いていた。 それは、地球軍も負けてなる者かと、新型起動兵器を開発し、それを中立国オーブで作成していた所へ、コーディネイターの軍（ザフト）が潜入してきた。 そして、そんな中、偶然にもアスラン・ザラとキラ・ヤマトが出会ってしまった。 ２人は、月の自由都市コペルニクスで親友だったのだが、２人はここ出会ってしまい、戦争の渦に巻き込まれてしまうので有った。 そして、闘いは更にエスカレートし、地球軍は、自分達の基地にわざとザフトを呼び込み、そこで、サイクロプスという装置を作動させ、仲間も同時に巻き込んで自爆した。 処がテレビでは、一方的にザフトが悪者にされ、怒った地球軍は、宇宙への玄関口、マスドライバーを破壊するが、地球軍とてバカではなく、既にＭＳの大量生産に成功。 ところが今度はザフトは、降伏するナチュラルに対しても銃を向けた。 そして、とうとう中立国（オーブ）にまでその牙を剥けるが、オーブは中立国としての理念を貫き通し、オーブは大事な戦力と大切な物を積ませて、宇宙へ逃がした。 だが、これで参る地球軍ではなく、ビクトリア基地をコーディネイターから取り戻していたのだ。 一方、この戦争を止めようと、クライン派はこの戦争をやめさせる為、偶然にも重傷を負ったキラ・ヤマトは、ラクス・クラインから、フリーダムを受け取っており、彼はそれで、ラクス達を助けて、エターナル（フリーダム＆ジャスティス専用運用艦）を助けて合流するも、彼の父は殺された。 しかも、プラント（コーディネイターの住むコロニー）はアスラン・ザラの父、パトリック・ザラに乗っ取られる格好になってしまう。 そんな中、とうとう宇宙にまで、闘いが及び、ラウ・ル・クルーゼの暗躍によって、アラスカ基地で偶然捕虜にした、フレイ・アルスターに、あるデータを、地球軍に渡した。 なんとそれは、Ｎジャマーキャンセラーと言って、地球軍が使用できなくなっていた核を再度使えるようになる情報で、これを得た地球軍は、とうとうプラント本体に攻撃を開始した。 一方で、Ｌ４コロニーで、キラが最高のコーディネイターとして作られ、ラウ・ル・クルーゼは、その資金提供を条件に、ムラ・ラ・フラガの父アルダ・フラガに、自分のコピーを作らせるが、テロメアが短く、早く老いてしまうというハンデがあり、更には、カガリとはきょうだい（どっちがどっちかまでは不明）という事も判明。 更には、闘いの中で、地球軍の船、アークエンジェル（以降はＡＡとします）に捕まっていた（ディアッカ・エルスマン）は、医務室で、あわや（ミリアリア・ハウ）に殺されそうになり、更には（フレイ・アルスター）にまで殺されそうになるが、彼等を通してかは謎だが、オーブ戦で、自分が奪取していたバスターに乗って、ＡＡを護ろうと必死に戦い、Ｌ４コロニーで、戦友の（イザーク・ジュール）と話し、彼に、自分の想いを伝え、それが通じたのか、仲間のピンチに現れ、無事に終戦を向かえる事となった。